Neden Biyoinformatik ?

Geçtiğimiz son 15-20 yıl içersinde geliştirilen teknikler sayesinde
moleküler biyoloji bilimi çok çeşitli seviyelerde kapsamlı
gelişmelere tanık olmaktadır. Hızlı DNA dizi analiz yöntemleri
çok çeşitli türlerin genomlarının DNA dizilerinin belirlenmesini
sağlamıştır(Venter, 2001; Lander, 2001). Ancak inanılmaz bir hızla ve
miktarda biriken bu verileri saklamak ve analiz etmek giderek
zorlaşmıştır (Tablo1). Bu bağlamda bilgisayar biliminin giderek artan
ivmelenmeyle biriken bu verilerin dikkkatli bir şekilde saklanması,
düzenlenmesi, birleştirilmesi, kataloglanması ve kolayca erişilmesinde
katkısı büyük olmuş ve biyoinformatik bilimi böylece doğmuştur
(Altschul, 1994).

DNA Mikroarray/DNA Mikrodizilimi ve Hematolojide Kullanım Alanları

 DNA Mikroarray/DNA Mikrodizilimi ve Hematolojide Kullanım Alanları

 

 

 

 

 

 

 

 

Biyoinformatik Dersleri…

İstanbul Üniversiesinde Öğretim görevlisi Yrd. doc. dr Ercan ARICAN hocanın kendi web sitesinde yayınladığı ders notlarını paylaşmaktan mutluluk duyuyoruz…

Genom Projesi: Ölüm Kalım Ekonomisi

Bilindiği gibi, bilim dev şirketler demektir ve hiçbir bilim dalı bu tanıma genetikten daha fazla uyamaz. İnsan DNA’sını oluşturan 3,2 milyar kimyasal harfin şifresinin çözümü olan İnsan Genom Projesi şaşırtıcı ilerlemeler kaydetmiş durumda. 13 yılın sonunda projenin 2 milyar harflik kısmı tamamlandı. Bu harflerin her biri bir molekülü temsil etmekte olup, insan vücudunun, kaslarının, derisinin, karaciğerinin vb. (kırmızı kan hücreleri hariç[*]) her hücresi aynı DNA’nın bir kopyasını barındırır. Bir türün hücrelerindeki DNA bütünü, onun genomudur.

Hayata ilişkin bilimsel kavrayışımız dörtnala koşmaya hazırlanırken, kendimizi bir kez daha kapitalizmin devasa israfıyla kuşatılmış buluyoruz. İşi tamamlamak için birbiriyle “yarışan”, zaman ve kaynak harcayan 5 büyük labotauvar var. Bu yılın başlarında ABD’de devletin finanse ettiği araştırmanın başında bulunan Francis Collins, özel Celera firmasının birlikte çalışma önerisini, elde ettikleri sonuçları 5 milyon dolar verilmedikçe altı ay süreyle kendilerine sakladıkları için reddetti. Rekabet + kâr, israfa eşit oluyor. Elbette basın homoseksüellik ve suç eğilimi hakkındaki histerik saçmalığı körüklüyor.

Samantha Kleinberg ile CL-GODB, Common Lisp ve Biyoinformatik Üstüne

New York Üniversitesi’nden Samantha Kleinberg, 2005 yılında Google’ın “Summer of Code” etkinliğine katılmış başarılı yazılımcılardan biri. Kendisi Common Lisp programlama dilini kullanarak CL-GODB projesini geliştirdi. Google ünlülerinden biri oluşu ve Common Lisp kullanmış olması dikkatimizi cezbetti ve her türlü engelip aşıp kendisine detaylı sorularımızı yönelttik. O da bizi kırmadı ve gayet net, konuya dair cevaplar verdi. Yayındayız…

Emre Sevinc: Samantha, bize geçmişin hakkında biraz bilgi verir misin? Bilgisayarları kurcalamaya ne zaman başladın? Bilgisayar bilimlerinin hangi alanlarında nasıl uzmanlaştın?

Samantha Kleinberg: İlk olarak 5. sınıfta başlamıştım ama lise yıllarıma kadar ciddi bir programlama deneyimim olmamıştı. Mount Sinai’nin Biyomatematik departmanında staj yaptığımda herkes çok sabırlı ve destekleyici idi ancak o zaman henüz yeterli deneyime sahip değildim. Favori hatıram bir sistem yöneticisine yaptığım bir metin dosyasını nasıl ASCIIye dönüştüreceğimi sorduğum zamandır. Ancak sonra Unix in a Nutshell‘i sayfa sayfa okudum, ardından Perl ve MySQL çalıştım. Fizik ve bilgisayar bilimleri alanında eğitimimi tamamladıktan sonra tekrar biyoinformatik alanına döndüm. Programlama becerilerimi, matematik, fizik ve biyoloji bilgimi insanların üzerinde açık ve net bir etkisi olacak işler kullanmaktan gerçekten hoşlanıyorum.

BİYOİNFORMATİK ÜZERİNE

İnsanoğlu tarihi boyunca sürekli gelişme, geliştirme çabası içinde olmuştur. Bu çabaların asıl hedefi insanın refah ve mutluluğunu artırmaktır. Dolayısıyla gelişme süreci insandan kaynaklanan ve sonunda yine insana ulaşan bir döngüdür. Bu süreç insan zekası, bilim ve teknolji ögeleri arasındaki sebep-sonuç ilişkileri ile olur ve gelişir (1). Geçtiğimiz yüzyıl içerisinde bilimin çok hızlı ilerlemesi insanların üzerine büyük bir bilgi yükü getirmiştir. Zaman içerisinde artan bilginin bir şekilde depolanması gerekmektedir. Ancak bilgilerin depolanmasının yanında bilgiye rahat ve hızlı erişim de önemlidir. Çünkü bilginin en iyi şekilde kullanılabilmesi etkin bir erişimi gerektirmektedir. Günümüzde bilginin depolanması için kullanılan ve etkili erişime olanak sağlayan en geçerli yol ise veri tabanı programlarıdır (2). Veri tabanı; toplanan bilgileri işleyebilen, istenen sonuçları kolaylıkla hazırlayabilen bir bilgisayar programıdır. Veritabanı programları bilgi kavramı için önemli sayılan aşağıdaki özellikleri kazandırmaktadır (3):

Biyoinformatik Hakkında Bir sunu …

biyoinformatik.ppt

Biyoteknoloji nedir?

Biyoteknoloji Nedir?

Bitki, hayvan veya mikroorganizmaların tamamı yada bir barçası kullanılarak yeni bir organizma (bitki, hayvan yada mikroorganizma) elde etmek veya var olan bir organizmanın genetik yapısında arzu edilen yönde değişiklikler meydana getirmek amacı ile kullanılan yöntemlerin tamamına “Biyoteknoloji“ denmektedir.

Biyoteknoloji, insan, hayvan ve bitki hücrelerinin fonksiyonlarını anlamak ve değiştirmek amacıyla uygulanan çeşitli teknikleri ve işlemleri tanımlamak için kullanılan bir terimdir. Canlıların iyileştirilmesi ya da endüstriyel kullanımına yönelik ürünler geliştirilmesini, modern teknolojinin doğa bilimlerine uygulanmasını kapsar.

• Kanser, AIDS gibi bir çok hastalığın tedavisi ve önlenmesinde kullanılacak genetik ürünler elde edilmesi
• Büyüme geriliği gibi sorunlara çare olacak ya da bulaşıcı hastalıklara karşı koyacak proteinlerin üretimi
• Rekombinant ilaç ve aşıları sentezleyecek transgenik bitkilerin geliştirilmesi
• Hasar görmüş beyin hücrelerinin ve omuriliğin onarımı
• Organik atıkları metabolize edecek bakterilerin elde edilmesi

biyoteknoloji uygulamalarına verilebilecek örneklerdir.

Biyoteknoloji hakkında geniş ve akademik bir bilgiyi içeren Pdf bolum2.pdf  yi bulacaksınız .