Genetiktest.net, genetik hastalıkların tanı ve tedavisi konsunda bilgi verici nitelikte hazırlanmış açık kaynak kodlu bir platform üzerinden yayın yapan bilimsel paylaşım sitesidir.Genetik hastalıkların teşhiş , tedavi süreçleri ve hastalıklar hakkında detaylı bilgilendirme amaçlanmaktadır.Sitenin içeriği bilgi vermek amacı ile hazırlanmaktadır…

Web üzerinde konusunda en kapsamlı kaynak oma özelliğinin yanı sıra sürekli güncellenmesi atlasgeneticontology ‘i gerçekten öneli bir başvuru kaynağı olmasını sağlıyor.Site (portal) basit hazırlanmış arayüzü ile hemen  aradığımızı bulma konusunda başarlı.Temel genetik başta olmak üzere medikal genetik moleküler biyoloji ,hematoloji,onkoloji(kanser biyolojisi)patoloji konularında kaynaklar içerior.Ayrıca portal kısmında çok geniş bir web dizini bulunmakta .Dizinde yer alan başlıca konu başlıkları ise şöle.

General Links
Bibliography in Biological Sciences
General Resources
General Databases
Genetic & Genomic Resources
Nucleic Acid Sequence Databases
Protein Sequence Databases
Mutation Resources & Diseases
Polymorphims
Genetic/Cytogenetics and Cancer Resources
Human Cytogenetics
Comparative Cytogenetics
Cancer Genetics
Array CGH Databases
Cancer
Mapping Resources
Genetic Markers and YAC Databases
Bac, Yac & Clones
Maps by Chromosomes (human, mouse)
Functional Genomics Transcriptome
Technology and Analysis
Gene Expression Data Analysis Tools
Gene Expression Database
SAGE
RNA Antisens
miRNA and siRNA
Functional Genomics Metabolism

Sitede internetteki birçok kaynağa ulaşım için linkler ve alternatifleri de bulunmakta.Ayrıca eğitim materyalleri medikal genetik ve onkoloji üzerine yazılar bulunmakta.Biyoinformatiğe yeni başlayanlar ve biyoinformatik çalışanlar için gerçekten önemli kaynakların linklerini barındıran bir kaynak olmayı gerçekten başarabilmiş bir site.

Ayrıca siteden  alfabetik sıayla indexlenmiş  129 bilimsel dergiye ulaşmanız mümkün.Burda konusu geçmişken PubMed 529 farklı dergiye ulaşabileceğiniz bir linki  de sizlerle paylaşmayı istiyorum.Link: http:// www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/fulltextpub.html Siteden en geniş kapsamlı aramalrı yapabilirsiniz  aradığınız konudaki makalelerin full versyonunu yada özetlerine ulaşabilirsiniz.Üniveristelerimizde bulunan online dergi ve katalog tanıma ağlarından bu sisteme girip aradığınız makalelerin orjinal versiyonlarına ulaşmanız  da münkün olabilmekte .

Siteyi gezdikçe bukadar basit bir yapıda çok fazla konuya sahip olduğunu görüyorsunuz. Sizlerde siteyi gezip daha ayrıntılı olarak inceleyebilrsiniz.Görüşlerinizi bu konudaki yorumlar kısmına bildirebilrisiniz.

Paylaştıkça gelişmek ümüdiyle …

Bio. Ali İsmet ÇAPHAN/Türk Biyoinformatik grubu

Uzun bir ardan sonra tekrar buluşmaktan büyük bir heyecan duymaktayız.Grubumuz halen alanında ilk ve  tek biyoinformatik ve biyoteknoloji, Türkçe paylaşım ortamı olma özelliğini devam ettirmekte.Yaklaşık altı aylık bir ayrılıktan sonra tekrar webblogumuz dan ayın yapmaya başlamaktayız.

Tabi paylaşımlarınız arttıkça gelişmeye devam etmekteyiz.Google grubumuzdan ve websistemizden paylaşımlarıyla bizleri destekleyen herkeze sonsuz teşekkürler.Çalışmalarımız  imkanlarımızın elverdiğince hızla devam etmeye devam edecektir. Burda paylaşımlarınız ,istek ve önerilerinizle daha iyiye hep beraber ulaşabileceğimize eminiz.Destek ve önerilerinizi bekliyoruz.

Paylaştıkça gelişmek dileğiyle…

Yük.Bio. Ali İsmet ÇAPHAN / Türk Biyoinformatik Grubu

Biyoinformatik araçlarını internet ortamnda kullanmak günümüzde moleküler biyoloji ,tıbbi genetik,kanser genetiği gibi konularda  çalışma yapan birçok bilim adamı için ve tıp sektöründe gün geçtikçe önem kazanmaktadır.Genome dizileme yarışı gün geçtikçe daha önem kazanmakta.Yapılan çalışmaların ve genome dizileme merkezlerinin büyük bir hızla artması birden fazla veri tabanını arayan yeni multi-base veritabanlarının oluşmasıyla gün geçtikçe biyoinformatik araçalrının kullanımını artırmaktadır.

Dünya çapında yada ulusal ölçekli merkezlerden tutunda  yerel ölçekli akademik veya özel girişimlere kadar birçok farklı yer ve ölçekte çalışmalar yapılmakta.Genome dizileme çalışmaları Sağlık,Ziraat,Medikal ve benzeri sekörler için gerçekten önemli.Biyolojik proseslerin incelenmesi ve kararlı sentez mekanizmalarının ortaya çıkarılması gelecekte hayatımızda birçok yeniliğin ortaya çıkmasına neden olacağı açık.

Bu haftaki özel konumuzda dünya çapında kabül görmüş Amerikan sağlık bakanlığının kurmuş olduğu National center of Bioinformatics (NCBI) yada diğer bir değişle akademik ortamlarda PUBMED olarak da bilinen uygulamalı biyoinformatik araçlarının kullanımına ve insiliko ortamda araştırma yapmaya imkan veren web portalını incelemeye aldık.

Yazının devamı yakında… 

Bio.Ali İsmet ÇAPHAN 

a.caphan@gmail.com

Bilkent Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Topluluğu (BilGenT) ve  Ag biyoinformatik firmasının biyoinformatik ve bilişimsel biyolojinin bilinirliğini artırmak amacıyla Biyoinformatik 5N 1K adlı seminerler dizisinin ilk buluşmasını 29 kasım cumartesi günü Bilkent Üniversitesi Güzel Sanatlar Fakültesi FFB22 salonunda gerçekleşecek…

Seminerle ilgili katılım ve diğer sorularınız için  melikeozbilgin@gmail.com email adersinden işletişime geçebilirsiniz…

Türk biyoinformatik Grubu …

Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü

Avrupa Biyoinformatik enstitüsünün web portalı  http://ebi.ac.uk.Genomik bilimler ve biyoinformatik üzerine ulaşabilecek ve referans kaynağı olarak kullanılabilecek çok amaçlı bir web sitesi.Ebi de biyoinformatik ile ilgili aradığınız her konu hakkında bilgiye ulaşmanız mümkün.Tamamlan mış Genome çalışmlarından tutunda iProtein sekanslarına ,Gen expresyon datalarına,Taxonomi,Ontoloji,Yapı analizi,Moleküler etkileşim,Data ve literatür araması gibi onlarca başlık altında ilgilendiğiniz alanlarda bilgi ve kaynağı barındırıyor.

En etkinlendiğimiz ve çarpıcı yönlerinden biride EBI EYE arama motoru.Sitenin üst kısmında heem gözüken ebi search çok sade yapısının altında herhangi bir arama yapıldığında nekadar geniş bir kaynak olduğunu hemen göz önüne seriyor.Örn: Human (insan)  kelimesi arandığında karşımıza çıkan sonuç:

Human (insan) kelimesi için EBI nin bulduğu sonuçlar.Toplam 13 başlık altında yaklaşık 35 milyon sunucu listeliyor tabi yaptığımız arama çok genel olduğu için elde ettiğimiz sonuç da çok sayıda veriyi içeriyor.Ebinin kullanma kılavuzunda tanıtıcı videolarına ulaşabilir ve bu arama motorunda nekara geniş bir bilgi yığının olduğunu ve arama ip uçlarına ulaşabilirsiniz.

Ebi biyoinformatik biliminin nekadar önemli olduğunu ve gelecekte bizi nelerin beklediği konusunda da ip uçları veriyo. Veritabanları uluslar arası bir ağın ortağı olduğu Amerika Ve japonyadaki merkerzlerle beraber yansı oluşturuyo.

Aslında elinizdeki datsetlerini karşılaştırmalı olarak tarayabileceğiniz bir çok veritabanını bünyesinde bulunduruyo.FTP kullanarak bir çok data setlerini indrebilir ve kullanmaya başlayabilirsiniz.Bir Amerkan sağlık bakanlığının sitesi NCBİ dan daha anlaşılır ve kolay kullanıma sahip olduğu nu düşünsekde aslında NCBİ a (PUB MED) e alışanlar ilkbakışta biraz zorlanacaklardır.

Ebinin Sunduğu Olanaklara Gelince

* Onlarca Database de Online Tarama  | Link:http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/ |

*Tools Yani ARAÇLAR     | http://www.ebi.ac.uk/Tools/ |

*Ebi Groups (gruplar)   | http://www.ebi.ac.uk/Groups/ |

*Training (Staj )        | http://www.ebi.ac.uk/training/ |

*Industry               | http://www.ebi.ac.uk/ındustry/

Ebi bir çok yeniliği ve halen geliştirilmekte olan Ebi Eye arama motoru ile alanında benzersizliğini koruyo halen.NCBI ın tekelini avrupada ve bütün dünyada bertaraf etmeyi başarmış durumda.Ebi yi gezdikçe nekadar detaylı ve kapsamlı hazırlanmış bir site olduğu konusundaki fikrimizi paylaşırınız umarım.

Ülkemizde halen bir ulusal biyoinformatik database yansımızın olmaması  bizlerin ileriki on yıl içinde bu bilimsel gelişmlerden kaynaklalnan pastadan üzerimize düşen pastayı alamamıza ve halen sağlık ve gıda sektöründe bu bilimin sayesinde yaşanan büyük gelişmlerden bi haber olmamız sonucunu doğurmaktadır.Toplumlar olarak nekadar çok özveride de bulunsak üretmeden yenilikleri ortaya çıkarmadan gelişmiş ülkeler seviyesine ulaşmamıza imkan bulunmadığıap açık  ortadadır.

Türk Biyoinformatik Grubu

Bio.Ali İsmet ÇAPHAN

a.caphan@gmail.com

Biyoinformatik ve Biyoteknoloji Paylaşım ortamı

Biyolojik Animasyonların yer aldığı çok kapsamlı bir site olan http://dnatube.com u incelememiz altına aldık.Dna tube diğer video paylaşım sitelerinde ve türkbiyoinformatik grubu web sitesinde de bazılarını izlediğiniz animasyon ve filmlerin bulunduğu kapsamlı bir site.Bilimsel içeriği ve sade kullanışlı bir ortam sunmasıyla siteye alışmakta zorlanmıyorsunuz.Site tabiki dünya bilim dili olan ingilizce olarak yayınlanmakta ve içeriği de yani izleyeceğiniz videolarda ingilizc seslendirilmiş .Biyolojik animasyonları izlemek ve dinlemek bize kitaplarda okuduğumuz ve kelimelerle anlatmaya anlamaya çalıştığımız prosesleri(işlem Süreçlerini) anlamamızda çok önmemli diye düşünüyorum.Özellikle günümüzde hertürlü bilgi ve iletişimin görsel olrtamlarda yapılmaya başlanması biyolojik bilimlerinde kaçınılmaz olarak bu yönlerde gelişmeye ihtiyaç duymasına sebep olmaktadır.

Aşşağıdaki linke tıklayarak ergün atalay hocanın neden biyoinformatik adlı makalesine ulaşıp bilgisayarınıza indirebilir biyoinformatik bilminin nedenli önemli olduğunu ve geçmişi ve geleceği konularında detaylı ve bir makaleye ulaşabilirsiniz.

Neden Biyoinformatik

Bio. Ali İsmet Çaphan

a.caphan@gmail.com