Karyotyhpe(Koryotip) Analiz Programı…

Biyoinformatik ve genomik bilimler üzerine hazırlanmış en kapsamlı arama motoru olan http://bioinformatik.de dünya çapında kabul gören ve tamamen gönüllü bir hizmet olarak oluşturulan arama motoru özelliğinide taşıyor.

 

GOLD Online DATABASE  (yani  web üzerinden erişim sağlanabilen)  Genetik haritalaması yapılmış veya halen haritalama çalışmlaraı süren genetik veri bankaları .Gold web üzerindeki açık kaynaklı  veri tabanlarını ve yayınladıkları bilgileri bulabileceğiniz bir site…

Şimdi gelelim Gold ne işe yarıyor ? Gold genetik haritalaması bitmiş veya devam eden  dört grup organizmanın ( 2504 ade şu  anki rakam) genetik veri kodlarını bulnduruyor.Bu link e tılayarak http://www.genomesonline.org/gold.cgi  ulaşabileceğiniz ve kendi bilgisayarınıza indirebilir ve çeşitli güncellemeleri yapabilirsiniz.

Dört grup organizma (canlılara verilen genel isim )

->Archeal (geçmişte yaşamış günümüzde soyu tükenmiş veya ender olan canlılar) Grup . Bu grupta 56 adet yayınlanmış genome bulunmakta .İndirip çalışmlarınızda  kullanabileceğiniz halde ve  çeşitli blgileri de içermekte.Bu bilgiler yayımlandığı enstitü ,araştırmanın bağışını yapan kurum vb.

Bilindiği gibi, bilim dev şirketler demektir ve hiçbir bilim dalı bu tanıma genetikten daha fazla uyamaz. İnsan DNA’sını oluşturan 3,2 milyar kimyasal harfin şifresinin çözümü olan İnsan Genom Projesi şaşırtıcı ilerlemeler kaydetmiş durumda. 13 yılın sonunda projenin 2 milyar harflik kısmı tamamlandı. Bu harflerin her biri bir molekülü temsil etmekte olup, insan vücudunun, kaslarının, derisinin, karaciğerinin vb. (kırmızı kan hücreleri hariç[*]) her hücresi aynı DNA’nın bir kopyasını barındırır. Bir türün hücrelerindeki DNA bütünü, onun genomudur.

Hayata ilişkin bilimsel kavrayışımız dörtnala koşmaya hazırlanırken, kendimizi bir kez daha kapitalizmin devasa israfıyla kuşatılmış buluyoruz. İşi tamamlamak için birbiriyle “yarışan”, zaman ve kaynak harcayan 5 büyük labotauvar var. Bu yılın başlarında ABD’de devletin finanse ettiği araştırmanın başında bulunan Francis Collins, özel Celera firmasının birlikte çalışma önerisini, elde ettikleri sonuçları 5 milyon dolar verilmedikçe altı ay süreyle kendilerine sakladıkları için reddetti. Rekabet + kâr, israfa eşit oluyor. Elbette basın homoseksüellik ve suç eğilimi hakkındaki histerik saçmalığı körüklüyor.

New York Üniversitesi’nden Samantha Kleinberg, 2005 yılında Google’ın “Summer of Code” etkinliğine katılmış başarılı yazılımcılardan biri. Kendisi Common Lisp programlama dilini kullanarak CL-GODB projesini geliştirdi. Google ünlülerinden biri oluşu ve Common Lisp kullanmış olması dikkatimizi cezbetti ve her türlü engelip aşıp kendisine detaylı sorularımızı yönelttik. O da bizi kırmadı ve gayet net, konuya dair cevaplar verdi. Yayındayız…

Emre Sevinc: Samantha, bize geçmişin hakkında biraz bilgi verir misin? Bilgisayarları kurcalamaya ne zaman başladın? Bilgisayar bilimlerinin hangi alanlarında nasıl uzmanlaştın?

Samantha Kleinberg: İlk olarak 5. sınıfta başlamıştım ama lise yıllarıma kadar ciddi bir programlama deneyimim olmamıştı. Mount Sinai’nin Biyomatematik departmanında staj yaptığımda herkes çok sabırlı ve destekleyici idi ancak o zaman henüz yeterli deneyime sahip değildim. Favori hatıram bir sistem yöneticisine yaptığım bir metin dosyasını nasıl ASCIIye dönüştüreceğimi sorduğum zamandır. Ancak sonra Unix in a Nutshell‘i sayfa sayfa okudum, ardından Perl ve MySQL çalıştım. Fizik ve bilgisayar bilimleri alanında eğitimimi tamamladıktan sonra tekrar biyoinformatik alanına döndüm. Programlama becerilerimi, matematik, fizik ve biyoloji bilgimi insanların üzerinde açık ve net bir etkisi olacak işler kullanmaktan gerçekten hoşlanıyorum.

AIDS Çağımızın vebası olarak görülsede yıllardır bilim adamlarının (moleküler biyolog ve tıbbi biyologlar vb.) yaptığı ayrıntılı çalışmalar sayesinde bu hastalık konusunda bir çok bilgi edinilmiştir.İzleyeceğiniz animasyonda HIV virüsünün nasıl olupta hücrelere girebildiğini ,kendini nasıl kopyaladığını yani hayat döngüsünü çok anlaşılır ve görsel yönden güzel bir şekilde izleyebilirsiniz.

İnsanoğlu tarihi boyunca sürekli gelişme, geliştirme çabası içinde olmuştur. Bu çabaların asıl hedefi insanın refah ve mutluluğunu artırmaktır. Dolayısıyla gelişme süreci insandan kaynaklanan ve sonunda yine insana ulaşan bir döngüdür. Bu süreç insan zekası, bilim ve teknolji ögeleri arasındaki sebep-sonuç ilişkileri ile olur ve gelişir (1). Geçtiğimiz yüzyıl içerisinde bilimin çok hızlı ilerlemesi insanların üzerine büyük bir bilgi yükü getirmiştir. Zaman içerisinde artan bilginin bir şekilde depolanması gerekmektedir. Ancak bilgilerin depolanmasının yanında bilgiye rahat ve hızlı erişim de önemlidir. Çünkü bilginin en iyi şekilde kullanılabilmesi etkin bir erişimi gerektirmektedir. Günümüzde bilginin depolanması için kullanılan ve etkili erişime olanak sağlayan en geçerli yol ise veri tabanı programlarıdır (2). Veri tabanı; toplanan bilgileri işleyebilen, istenen sonuçları kolaylıkla hazırlayabilen bir bilgisayar programıdır. Veritabanı programları bilgi kavramı için önemli sayılan aşağıdaki özellikleri kazandırmaktadır (3):

biyoinformatik.ppt

Apoptosis biyoloji bilminde özellikle embriyoloji ve moleküler biyoloji de çok önemli bir yeri olan programlı hücre ölümüne verilen latince karşılıktır.Bu olay gelişim biyolojisinde (embriyoloji) temel tıp bilmlerinde bir çok anlaşılması güç olayın açıklanmasında kullanılmıştır.Örneğin parmaklarımızın nasıl oluştuğu gibi açıklanması geçmiş zamanda bir çok bilim adamının bulmak için uğraştığı bir konuyu aydınlatmıştır.

Apoptosis ; embriyonik gelişim safhalarında çeşitli doku ve organların oluşumu sırasında o dokuyu veya organı oluşturacak hücrelerin moleküler temelleri olan bir uyarıyla yaşamsal faaliyetlerine son vermeleri olayıdır.Bu olayın moleküler temelleri günümüzde bilimadamları tarafından aydınlatılmıştır.Yukarıda izleyeceğiniz animasyonda bu olayın nasıl gerçekleştiği anlatılmaktadır.Burda verdiğimiz bilgiler genel olmakla beraber herkezin anlayabileceği ve merakını giderebileceği kadar olmaktadır.Daha geniş çaplı akademik bir bilgiyi yakında dosyalar bölümünde bulabilirsiniz.

Paylaştıkça gelişmek ümidiyle…

Bio A.İsmet ÇAPHAN

Genetik mühemdisliğinde ve moleküler biyoloji de çok kullanılan restirüksiyon enzimlerinin çalışmasını ve moleküler temelinin anlatıldığı animasyonu sizlerle paylaşmaktayız.Restirüksiyon enzimleri bakterilerde gen aktarıında çok önemli bir görev üstlenmektedirler.Be enzimler çok spesifik olarak plazmidleri tanırlar ve keserler.Bu sayede noktaya özgü kesilen plazmide aktarılacak genin geneomda ki yeri tam olarak bilinebilir.Bu olay ise genetik mühensdisliğinde çok önemlidir.

Yakında makaleler bölümünde bu konu ile ilgili akademeik bir bilgiyi de bulabilirsiniz.

Bio.A.İsmet ÇAPHAN